2006 : Les États-Unis installent une base militaire temporaire au Timor-Oriental, pour entraîner la force défensive de la "plus jeune démocratie du monde". La résistance à la présence américaine en Asie du Sud-Est est importante et passionnée, mais la menace que représentent les milices indonésiennes pour la démocratie timoraise suffit à la légitimer. Ce ressentiment à l'égard des Américains est incarné par Suhadi Sadono, le chef d'une milice armée qui agit avec le soutien officieux des principales factions corrompues du gouvernement Indonésien. Ses hommes ont attaqué l'ambassade des États-Unis à Djakarta et occupent les lieux. Ils retiennent des dizaines de civils et de militaires en otages.
                                                                                                          Sam Fisher va devoir aider l'armée américaine, pas seulement en Indonésie mais un peu partout dans le monde, faire en sorte que Sadono ne soit plus intouchable et que la guérilla soit neutralisée.

                                                                                                           SAM FISHER

Né en : 1963
Taille : 1,85 m
Poids : 88 kg

Au cours des dernières décennies, Sam a pris part à des missions d'espionnage dans tous les grands conflits du globe. Non seulement il a toujours survécu, mais il a maintes fois démontré qu'il faisait partie des meilleurs dans sa spécialité. Son métier est néanmoins brutal, et il n'a pas le temps de se montrer tendre envers l'ennemi. Bien que bénéficiant d'une exceptionnelle confiance en lui, Sam sait également que sa survie jusqu'à ce jour est due à une grande part de chance. Comme tout le monde, il commet des erreurs et ne tient pas à mourir. Son humour se teinte parfois d'une légère touche de cynisme.
Très calme, il est doté d'un instinct très développé et de fantastiques capacités d'observation. Sa vie est définie par trois priorités : le combat, l'espionnage et l'entraînement. Son sens tactique est désormais si ancré en lui qu'il fonctionne au même niveau que son instinct.
Même quand il n'est pas sur le terrain, il ne se sent à l'aise qu'en marge de la société, à tout observer sans jamais prendre part à rien. Au fil des années, il a acquis une superbe collection de cicatrices et n'a plus rien à prouver à personne. La gloire ne l'intéresse pas. S'il continue de se battre, c'est parce qu'il pense que sa cause en vaut la peine et qu'il est capable de faire la différence.